Christelle Melo de Lima Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive Université Claude Bernard Lyon 1 69622 Villeurbanne Cedex FRANCE Téléphone : +33 (0) 4 72 44 81 42 Fax : +33 (0) 4 72 43 13 88 mail : melo at biomserv.univ-lyon1.fr

• 2005-2007 :

  Activité de recherche postdoctorale en collaboration avec Christian Gautier et Dominique Mouchiroud, au laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive à l'université Lyon 1.
  
  Evolution de la structure en isochores chez les vertébrés.
  

  1. Analyse comparative des génomes du chimpanzé (publié dans Lecture Notes in Bioinformatics), de la souris et du poulet.
  2. Mise en évidence d'une structure nouvelle chez le Tetraodon, le zebrafish (soumis à BMC Bioinformatics) et le fugu (soumis à Journal of Molecular Evolution)

• 2002-2005 :

  Travail de thèse sous la direction de Didier Piau, Professeur au laboratoire de mathématiques Institut Camille Jordan UMR 5208, et François Rechenmann, Directeur de recherche à l’INRIA Rhône-Alpes.
  
  Réalisations :

  1. Développement de modèles probabilistes markoviens pour l’exploration à grande échelle des génomes à partir de l’utilisation d’états complexes. (Journal of Mathematical Biology in press)
  2. Utilisation de méthodes statistiques (analyse multivariée, etc.) et sélection de modèles de Markov cachés pour la discrimination des différentes régions du génome (exons, introns, peptides signaux, etc.) ou de différents génomes entre eux. (publié dans International Journal of Foundation of Computer Sciences)
  3. Analyse et prédiction des isochores le long du génome humain. (Pulié dans Gene)

• 2001-2002 :

  Stage de DEA au sein du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive UMR CNRS 5558 Université Claude Bernard Lyon 1 sous la direction de Christian Gautier, Professeur au laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive.
  
  Réalisation :

  1. Développement d’un modèle probabiliste basé sur les chaînes de Markov cachées pour la localisation des gènes au sein d’une séquence d’ADN. (publié dans les actes de JOBIM 2004)

• 2000-2001 :

  Stage de Maîtrise (TER) Université Claude Bernard Lyon 1 sous la direction d’Andro Mikelic, Professeur au laboratoire de mathématiques Institut Camille Jordan UMR 5208.
  
  Réalisation :

  1. Modélisation du mouvement de la paroi artérielle en utilisant la méthode d’Adams-Moulton (approximation polynomiale) et de Cranck-Nicolson.

Publications dans des revues internationales à comité de lecture (haut de page)

• Melodelima C., Gautier C. and Piau D., A markovian approach for the segmentation of the mouse genome. Journal of Mathematical Biology (in press)

• Melodelima C., Guéguen L., Gautier C. and Piau D., Analysis of the structure of genes using hidden Markov model. International Journal of Foundations of Computer Sciences in press version pdf

• Melodelima C. and Gautier, A markovian approach for the segmentation of the chimpanzee genome. Lecture Notes in Bioinformatics (sous-série de Lecture Notes in Computer Science) 2007;4414:251-262. version pdf

• Melodelima C., Guéguen L., Piau D., and Gautier C., A computational prediction of isochores based on hidden Markov models. Gene, 2006;385:41-49. version pdf

• Gautier C., Navratil V. and Melodelima C., Genomic mapping and molecular processes Mathematical and Computational Biology 2003;2:22-28. version pdf

• Melodelima C., Mouchiroud D. and Gautier, Isochore structure in fishes genomes. Soumis à Molecular Biology and Evolution.

• Melodelima C. and Gautier C. , Segmentation of the fishes genomes. Soumis à BMC Bioinformatics.

• Melodelima C. A hidden Markov model to analyse chicken genome. Mathematical Biosciences.

Conférences (haut de page)

Communications invitées dans des congrès internationaux

• Melodelima C. and Gautier C., Detection and modeling of isochores in mammals using hidden Markov models. Invited conference at Physics and Biology, Wroclaw, Pologne, 2005 in press.

• Gautier C., Navratil V., and Melodelima C., Genomic information along the genome: modeling, statistical analysis and evolutionary implications. Invited conference at IFIP World Computer Congress, Toulouse, France, 2004:258-261.

Communications publiées dans des actes de congrès à comité de lecture

Congrès internationaux

• Melodelima C. and Gautier C., Segmentation of the chimpanzee genome using a HMM models. Bioinformatics Research and Development, Berlin, 2007, in press.
  Melodelima C., Guéguen L., Gautier C. and Piau D., Analysis of the structure of genes using hidden Markov model. The Prague Stringology Conference '06, Prague, République Tchèque, 2006:123-136.

Congrès nationaux

• Melodelima C., Guéguen L., Piau D., and Gautier C., Prediction of human isochores using a hidden Markov model. JOBIM, 2005:427-434 version pdf

• Melodelima C., Guéguen L., Piau D., and Gautier C., Modelling the length distribution of exons by sums of geometric laws. Analysis of the structure of genes and G+C influence. JOBIM, 2004:142-154. version pdf

Communications dans des congrès sans comité de lecture et sans acte

Congrès internationaux

• Melodelima C., Mouchiroud D., and Gautier C., The mosaic genome of fishes GDR-RA Comparative genomics, Université Lyon 1, 2006.

• Melodelima C., Guéguen L., Piau D., and Gautier C., A computational prediction of isochores based on hidden Markov models, ECCB Madrid, Espagne, 2005 at press.

• Gautier C., Navratil V., and Melodelima C., Genomic mapping and genome functioning, Colloque Robert Cedergren, Montréal, Canada, 2004:23-25.

• Melodelima C., Guéguen L., Gautier C., and Piau D., A markovian approach to the analysis of the structure of genes, ECCB, Paris, France, 2003:154-158.

• Melodelima C., Piau D., et Gautier C., Analyse de la structure du génome humain par une approche markovienne. 15èmes Rencontres Régionales pour la Recherche , Lyon, 2004

• Gautier C., Navratil V., and Melodelima C., Genomic mapping, Séminaire Agenae, Saint Malo, 2005.

• Prédiction et analyse de la structure des génomes par des modèles de Markov cachés. Séminaire de statistique et modélisation stochastique de Grenoble. INRIA et Université Joseph Fourier Grenoble 1, invitée par Florence Forbes, Mai 2005.

• Prédiction des isochores du génome humain par modèles de Markov cachés. Groupe de travail Statistique des séquences biologiques. Université d’Evry, invitée par Anne-Sophie Tocquet, Avril 2005.

• Modélisation markovienne de la structure des gènes. Analyse de la structure en isochores. Groupe de travail Statistique des séquences biologiques. Université d’Evry, invitée par Sophie Schbath, Juin 2004.

• Modélisation markovienne de la structure des gènes : exons de lois non géométriques et influence du taux de G+C. Laboratoire de probabilités. Université Claude Bernard Lyon 1, invitée par Jean Bérard, Mai 2004.

• Modélisation markovienne de la structure des gènes : exons de lois non géométriques et influence du taux de G+C. Groupe de travail Modélisation de la Biologie. INSA de Lyon, invitée par Olivier Mazet, Avril 2004.

• Markovian approach to the analysis of the structure of genes. Algorithms for modelling, search and inference problems in molecular biology . Université Claude Bernard Lyon 1, invitée par Marie-France Sagot, Avril 2002.

Groupe de travail :


• Adaptation de l’algorithme de Forward-Backward dans le cas des HMMs à macro-états, ADH animé par Marie-France Sagot, Université Claude Bernard Lyon 1, juin 2004.

• 158 heures de 2002 à 2005 en tant que vacataire


• 100 heures de 2005 à 2006 en tant qu'ATER à l'université Lyon 1


• 96 heures de 2006 à 2007 en tant qu'ATER à l'IUT Lumière Lyon 2

• A l’Ecole Centrale de Lyon :
  
  
Probabilités et Statistique (2004/2005) TD 32h, Ecole Centrale de Lyon (1ère année)
Modélisation probabiliste, Variables aléatoires, Loi des grands nombres, Théorème central limite, Statistique : estimation et tests.


• A l'INSA de Lyon :
  
  Modèles de Markov (2005/2006) TD 8h, INSA de Lyon (4ème année)
  


• A l’Université Claude Bernard Lyon 1 :
  
  

Niveau	Filière	Matière	Description	Nombres d'heures	Années
Master (1ère année)	Approches Mathématiques et Informatique du Vivant (AMIV)	Bioinformatique	Modèles de Markov	9h de TD, 3h de TP (ATER)	2005/2006
Master (1ère année)	Ecologie Microbienne Evolution (EME)	Analyse et modélisation des systèmes	Modèles de Markov	9h de TD, 6h de TP (ATER)	2005/2006
Licence (3ème année)	Informatique	Probabilités	Modélisation probabiliste, Variables aléatoires, Loi des grands nombres, Courbe en cloche, Statistique : estimation et tests.	2×26h de TD (Vacataire)	2003/2004 et 2002/2003
Licence (3ème année)	Mathématiques et Informatique du Vivant (MIV)	Bioinformatique	Bases de Données HTML Logiciel de prédiction de gènes et motifs	9h de TP (ATER)	2005/2006
Licence (2ème année)	Sciences de la vie	Statistique	Tests d’hypothèses, Test du Chi deux, Analyse de variance, Régression linéaire, Régression multiple.	2×22,5h de TD, 12h de TP, 9h de TT (ATER et Vacataire)	2005/2006 2004/2005 2003/2004
Licence (2ème année)	Sciences de la vie	Bioinformatique	Bases de Données HTML Logiciel de prédiction de gènes et motifs	2×12 h de TP (ATER)	2005/2006
Licence (2ème année)	Sciences de la vie	Algèbre	Systèmes de vecteurs, Calcul matriciel, Applications linéaires, Changements de base, Diagonalisation.	9h de TD, 9h de TT(Vacataire)	2003/2004
Licence (1ère année)	Mathématiques Appliquées aux Sciences Sociales (MASS)	Statistique	Statistique descriptive unidimensionnelle et bidimensionnelle, Régression linéaire, Corrélation de Spearman et de Kendall.	3×13,5h de TD (Vacataire)	2002/2003




• A l’IUT Lumière Lyon 2 :
  
  

Expertise scientifique
• Rapporteur : d'aritcles pour la revue internationale Algorithmica (depuis 2006)

Encadrement
• Co-encadrement à 50% du stage de Master 2 recherche en collaboration avec Mr Gautier sur Le lien entre la présence d'isochores et la recombinaison chez les poissons.